学校计算机主要运行的是 Windows系统。具体来说，在2006年之前，学校主要使用Windows 98或Windows 2000系统，而现在则普遍使用Windows XP系统。虽然Windows 7在一些学校中也被使用，但由于其内容未包含在教材中，因此Windows XP仍是主要系统。此外，对于编程教学，学校可能会使用专门针对教学目的开发的操作系统，这些系统通常被称为教学操作系统或教育操作系统。
综上所述，学校计算机主要使用的操作系统包括Windows XP、Windows 7以及专门用于教学的系统。