扣押手机的法律依据主要涉及以下几部法律法规：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条
扣押的物品如果经过查明跟案件没有关系的话，应当在三天之内解除扣押，立即退还。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十一条
在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押；与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。
《中华人民共和国刑法》第六十四条
供犯罪使用的本人财物应当予以没收。
《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百三十三条
对查封、扣押的财物、文件、邮件、电子邮件、电报，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除查封、扣押，退还原主或者原邮电部门、网络服务单位；原主不明确的，应当采取公告方式告知原主认领。
《公安机关办理行政案件程序规定》第一百八十七条
对于依法扣押、扣留、查封、抽样取证、追缴、收缴的财物以及由公安机关负责保管的先行登记保存的财物，公安机关应当妥善保管，不得使用、挪用、调换或者损毁。造成损失的，应当承担赔偿责任。
《公安机关办理行政案件程序规定》第一百八十八条
县级以上公安机关应当指定一个内设部门作为涉案财物管理部门，负责对涉案财物实行统一管理，并设立或者指定专门保管场所，对涉案财物进行集中保管。
《治安管理处罚法》第八十九条
公安机关办理治安案件，对与案件有关的需要作为证据的物品，可以扣押；对被侵害人或者善意第三人合法占有的财产，不得扣押，应当予以登记。
结论：
扣押手机的法律依据主要是《中华人民共和国刑事诉讼法》和《中华人民共和国刑法》等相关法律法规。具体操作时，需要遵循法定程序，确保当事人的合法权益不受侵犯，并在查明与案件无关后及时退还。如果手机被认定为作案工具，则应当予以没收。