鉴定手机真假的部门主要有以下几种选择：
质量技术监督局（质监局）：
这是负责产品质量监督和检验的主要机构，具备专业的检测设备和技术人员，能够进行系统的质量检测和真伪鉴定。
品牌售后服务中心：
许多品牌手机厂商都设有官方售后服务中心，用户可以携带手机、保修卡等前往所在地的售后服务中心进行鉴定。如果手机存在问题且与售后达成一致，售后服务中心通常能够检测出手机的真伪。
具有法律认可的司法鉴定所/鉴定中心：
这类机构具备法律效力，可以进行更为正式和严格的手机真伪鉴定，并出具鉴定证明。用户需要到工信部或当地持有司法鉴定许可证的有关部门进行检测鉴定，但此类鉴定通常需要支付一定的费用。
信息产业部电信设备认证中心：
该中心提供标志真伪鉴定服务，可以通过输入手机的IMEI码进行查询，验证手机的真伪及相关信息。
第三方专业鉴定机构：
例如南方医科大学司法鉴定中心、中山大学法医鉴定中心、广东衡正司法鉴定所等，这些机构也可以提供专业的手机真伪鉴定服务。
建议用户首先选择品牌售后服务中心进行初步鉴定，因为这种方法相对便捷且无需额外费用。如果对鉴定结果有异议或需要更高级别的鉴定，再考虑选择质量技术监督局或具有法律认可的司法鉴定所。