手机厂商最怕的部门主要有两个：
消费者协会
消费者协会可以直接监管手机店，并拥有直接处罚的权利。当消费者向消费者协会投诉时，手机店将面临严格的审查和处理，因此手机店非常害怕消费者协会的投诉。
工信部（工业和信息化部）
工信部作为通信运营商的主管部门，拥有对移动公司等进行监管的权限。当用户向工信部12300电话投诉时，工信部会对投诉进行受理并进行调查，如果发现移动公司存在违规行为，工信部有权对其进行处罚。因此，移动公司对工信部的投诉非常重视和害怕。
总结：
手机厂商最怕的部门是 消费者协会和 工信部，因为这两个部门都有权对手机店和通信运营商进行监管和处罚，能够直接影响其业务运营和声誉。