手机U盘通常使用的格式是 FAT32。FAT32格式的U盘内部空间可划分为三部分，依次是引导区、文件分配表区、数据区。引导区和文件分配表区又合称为系统区，占据整个U盘前端很小的空间，存放有关管理信息。数据区才是U盘用来存放文件内容的区域，该区域以簇为分配单位来使用。使用FAT32格式的优点是能兼容安卓系统，缺点是单个文件大小如果超过4GB则不支持。
尽管有些修改过的安卓内核可能支持其他格式如NTFS，但出于兼容性和广泛支持的角度考虑，FAT32格式仍然是手机U盘的首选格式。在手机文件管理器中，用户通常可以选择FAT32或其他格式，但为了确保最佳兼容性，建议选择FAT32格式进行格式化。