超级计算机主要使用的操作系统是 Linux系统。Linux系统在超级计算机中占据绝对优势，被广泛应用于各种高性能计算任务中。以下是Linux系统在超级计算机中的主要优势和应用情况：
高性能运算：
Linux操作系统的高性能运算能力为超级计算机提供了坚实的基础，使其能够高效处理复杂科学问题。
开放源代码：
Linux是开放源代码的操作系统，用户可以根据自身需求修改代码，从而达到所需目的。这种灵活性使得Linux系统能够适应不同硬件和应用场景的需求。
广泛应用：
目前全球最顶尖的500台超级计算机中，绝大多数（超过60%）都使用Linux操作系统。例如，中国的超级计算机如天河二号和神威太湖之光都是基于Linux操作系统建设的。
社区支持：
Linux系统拥有庞大的开发者和用户社区，提供了丰富的技术支持和资源，使得系统能够不断改进和优化。
性能优势：
Linux系统在高性能计算应用中表现出色，能够有效利用多处理器核心进行并行处理，显著提高运算速度和效率。
综上所述，Linux系统因其高性能、开源特性、广泛应用和社区支持，成为超级计算机的首选操作系统。