计算机模拟虽然具有许多优点，如并行运行、速度快、输出为连续量等，但也存在一些缺点，主要包括：
计算精度较低：
计算机模拟的精度受到多种因素的影响，如算法选择、模型简化、边界条件设定等，可能导致模拟结果不够精确。
在线实现困难：
在模拟复杂系统时，实时仿真和在线实现较为困难，且精度不易保证。
逻辑判断环节多，模拟难度大：
当系统中逻辑判断环节较多时，模拟的难度会显著增加，需要更复杂的算法和更多的计算资源。
自动化程度低：
许多模拟过程需要人工出题和干预，自动化程度不高，影响效率和准确性。
串行计算限制：
由于数字计算机的工作方式是串行计算，模拟速度相对较慢，难以满足快速响应系统的实时仿真需求。
可能遗漏最优方案：
在模拟过程中，选择的方案可能不是最优的，存在遗漏潜在最佳解决方案的风险。
适用范围有限：
计算机模拟技术只适用于能够考察的情况，一旦遇到不能模拟的特殊情况，可能会遇到困难。
规模大时资料获取和细节处理困难：
在模拟规模较大时，获取足够的资料和模拟细节变得非常困难，可能影响模拟的准确性和可靠性。
模型简化和边界条件设定问题：
如果模型简化不合理或边界条件设定有误，可能导致模拟结果失真甚至失败。
缺乏创造性和情感理解：
计算机模拟虽然可以处理大量信息并具有高精度和高可靠性，但缺乏人类的创造性思维和情感理解能力。
综上所述，计算机模拟技术在许多方面具有显著优势，但在实际应用中仍存在一些局限性。为了克服这些缺点，需要不断完善模拟算法，提高模拟精度，并探索更高效的模拟方法。