飞船使用的计算机系统主要基于 Linux的操作系统，例如红旗操作系统，以及其衍生版本如天河1.2号超级计算机等。这些系统因其稳定性、可靠性和高效性而被广泛应用于航天器中。此外，还有使用其他操作系统的飞船，例如使用Symbian和Windows CE的航天器。
在早期的航天任务中，如阿波罗飞船，使用的导航计算机内部程序是固化的，宇航员通过集成化的显示与键盘系统（DSKY）进行交互。这种计算机没有普通计算机的键盘和显示器，宇航员通过按键输入命令来操作计算机。
对于现代航天器，如天宫一号，使用的计算机系统是由多个冗余单机组成，包括主控器、备份控制器和两个故障包容区域。每个单机都使用一颗SPARC兼容格式的32位ERC32处理器，主频为10MHz，具有较为强大的运算能力。
综合考虑， 基于Linux的操作系统因其稳定性和可靠性，是飞船计算机系统的首选。这些系统能够适应太空环境的极端条件，满足航天任务对计算能力和可靠性的高要求。