飞船使用的计算机系统主要有以下几种：
旅行者1号使用的是一种基于CMOS的微控制器芯片，配备了一个16位处理器和70KB的存储空间，运行的是IBM在20世纪50年代开发的汇编语言和FORTRAN语言。
猎鹰9号火箭使用的有3个双核ARM x86处理器，每个核心上运行一个Linux实例，系统使用了角色-判断系统（Actor-Judge）来比较和决定命令。
自动运载飞船（ATV）的自动对接软件是用C代码编写，并经过了Astree验证，使用的是实时操作系统。
神舟十二号使用的是一种专门开发的操作系统Space OS，这种系统可承受零下35至70摄氏度的温度，并具有抗辐射、抗震和抗静电能力。
其他航天器如嫦娥三号探月任务控制计算机使用的也是经过升级和改进后的第二代星载计算机操作系统SpaceOS2。
综合以上信息，飞船使用的计算机系统多为实时操作系统（RTOS），如Vxworks，以及专门针对太空环境开发的操作系统如SpaceOS。这些系统需要具备高可靠性、稳定性和安全性，以适应太空环境的极端条件。