清华大学计算机系的课程分为以下几类：
公共课
思想政治理论课
体育
军事理论与技能训练
外语（6学分）
文化素质课（包括历史与文化、语言与文学、哲学与人生、科技与社会、当代中国与世界、艺术与审美、法学、经济与管理、科学与技术）
数学与自然科学类
一元微积分、多元微积分、高等微积分、几何与代数、随机数学方法、概率论与数理统计
复变函数引论、大学物理、数理方程引、数值分析、离散数学、随机过程、应用随机过程
泛函分析、代数编码理论、初等数论与多项式、应用统计
专业基础课 （偏硬件的课程）：工程图学基础、电路原理、电子基础、电子技术实验
专业必修课
C++或Java程序设计
编译原理
操作系统
计算机网络
数据库原理
软件工程
软件系统设计
限选修课（修够30学分）：
微计算机技术、数字系统设计自动化、VLSI设计导论、网络编程与计算技术、通信电路、通信原理课组、网络安全、网格计算、高性能计算前沿技术、模式识别、数字图象处理、多媒体技术基础及应用、计算机图形学基础、计算机实时图形和动画技术、系统仿真与虚拟现实、现代控制技术、信息检索、电子商务平台及核心技术、数据挖掘、机器学习概论、人机交互理论与技术、人工神经网络、信号处理原理、系统分析与控制、媒体计算
此外，清华大学计算机系还提供了一些特色课程和实践环节，例如：
“互联网创新与创业”课程
“基于Linux的C++”课程
“Java程序设计进阶”课程
电子工艺实习、电子专题实践、计算机实践、综合论文训练、生产实习等
建议学生根据自身兴趣和职业规划，选择合适的课程进行学习。