钱学森研究的系统主要包括 复杂系统和 工程系统。他特别关注生命系统，尤其是人作为生命体，将其视作一个复杂系统，并研究这些系统所表现出的整体性、有序性和动态特性。此外，钱学森在工程控制论方面也有深入的研究，这一领域关注事物间的关系及其系统性质，不仅涉及物质运动本身，还包括对代表物质运动的事物之间关系的系统研究。
钱学森不仅将系统工程应用于火箭、导弹和航天工程，还从整体和系统的角度对中医药等复杂事物进行了研究，认为这些事物都可以被视为复杂的系统，并需要采用系统工程的思维和方法进行总体研究。
综上所述，钱学森研究的系统主要包括复杂系统和工程系统，特别关注生命系统的复杂性和工程控制论的应用。