当公司计算机遭遇侵权时，可以采取以下措施：
自行协商
侵权人和被侵权人可以尝试自行协商，要求侵权人停止侵害行为并赔偿损失。双方可以签订和解协议来达成和解。
调解
可以通过第三方调解机构介入进行调解，调解应在双方自愿的基础上进行。调解达成协议后，若一方反悔，调解协议即失去效力，当事人可以通过诉讼解决纠纷。
仲裁
若当事人之间存在有效的仲裁协议或著作权合同中的仲裁条款，可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律上的强制力，当事人应当履行。如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以申请人民法院强制执行。
诉讼
如果上述方法均无法解决问题，可以向人民法院提起诉讼，要求侵权人停止侵权行为并赔偿损失。在诉讼过程中，被侵权人可以要求法院判令侵权人停止侵害，并赔偿实际损失及合理开支。
行政投诉
可以向相关行政部门如工商局、版权局等举报侵权公司，要求停止侵权行为并进行行政处罚。
刑事处罚
若侵权行为涉及刑事犯罪，可以向公安机关举报，请求对侵权方责任人予以刑事处罚，从而从根本上制止侵权行为再次发生。
在处理计算机侵权问题时，建议首先尝试通过协商或调解解决纠纷，如果这些方法无法达成一致，再考虑通过仲裁或诉讼等法律途径解决。同时，企业应加强对员工的法律风险教育，确保使用正版软件，避免侵权风险。