计算机生物工程是一门 以生物学（特别是其中的分子生物学、微生物学、遗传学、生物化学和细胞学）的理论和技术为基础，结合化工、机械、电子计算机等现代工程技术，充分运用分子生物学的最新成就，自觉地操纵遗传物质，定向地改造生物或其功能，短期内创造出具有超远缘性状的新物种的新兴技术。通过合适的生物反应器对这类“工程菌”或“工程细胞株”进行大规模的培养，以生产大量有用代谢产物或发挥它们独特生理功能。
此外，计算机生物工程还涉及使用计算机进行的计算，许多生物学家研究计算机生物学来开发算法和一些软件来处理和分析生物数据。因此，它是一门综合性的应用学科，旨在通过工程技术手段研究和解决生命科学，特别是医学中的有关问题。
综上所述，计算机生物工程是一门以生物学为基础，并结合现代工程技术的应用学科，旨在通过先进的技术手段改造生物或其功能，以生产有用的代谢产物或发挥其独特生理功能。