正史不承认南明的原因主要有以下几点：
清朝统治者的打压和丑化
清朝为了保证自己统治的合法性，将明朝灭亡的罪责推给农民军，声称入关是为了替明朝报仇，因此拒不承认南明是明朝的延续。
清朝官方在记述南明历史时，往往在称谓上加上“伪”字，以区别“前明”，如“伪永历”、“伪晋王”等，从而否定南明朝廷的合法性。
南明政权的不稳定性和缺乏统一
南明并非一个稳定的政权，而是由多个政权统称，先后有弘光、鲁王、隆武、邵武、永历等政权，但这些政权都没能实现对南方的统一，只是偏安一隅。
南明政权缺乏稳定的行政体系和地盘，经济和文化方面也没有显著发展，无法算作是一个正统和有法统的朝代。
南明与清朝的对抗和内乱
南明在李自成攻占北京后成立，其初衷是借助清军的力消灭大顺军，而非直接对抗清朝。然而，随着清军的入关，南明政府未能有效应对内外压力，最终灭亡。
南明宗室内部为争夺皇位大搞内乱，进一步削弱了其政治和军事实力。
正史编纂的正统观念
传统正史强调正统观念，认为一个政权的合法性来源于其继承和延续。由于南明未能有效继承明朝的统治，且最终被清朝所灭，因此不被视为正统。
清朝作为唯一成功统一全国的政权，其官方史书《明史》在编纂时自然不会承认南明的正统地位。
综上所述，正史不承认南明主要是由于清朝统治者的打压和丑化、南明政权的不稳定性和缺乏统一、南明与清朝的对抗和内乱以及正史编纂的正统观念等多方面原因所致。