祝福院长新年快乐的话可以包括以下几方面：
表达敬意和感谢
尊敬的院长，在新春佳节到来之际，我衷心祝福您新年快乐，身体健康，工作顺利。感谢您过去一年带领全院职工为病患付出的辛苦，为病患带去了康复与希望。
美好祝愿
敲响的是钟声，走过的是岁月，留下的是故事，带来的是希望，盼望的是美好，送来的是祝福。愿您新年快乐，万事如意。
健康和幸福
春节紧接着，外面的空气中浓浓的都是快乐、活力与希望。向Y医院的管理者——院长致敬，再次向您表示最诚挚的祝福：新春快乐，万事如意!愿您拥有新的一年，新的梦想，大展宏图，共创辉煌。
团结和协作
让我们继续凝心聚力，坚定前行，用成绩点燃激情的梦想，用激情续写发展的篇章，共谱xx年新的辉煌。祝愿大家新年快乐，身体健康，阖家幸福。
激励和展望
回首过去，我们豪情满怀；新的一年，我们将一如既往，学习贯彻十七大及十七届三中全会精神，进一步落实科学发展观，为创建一流独立学院打下坚实的基础，为培养高水平的应用型人才，艰苦奋斗，阔步向前。祝大家身体健康，新春快乐，万事如意。
这些祝福语既表达了对院长的敬意和感谢，又寄托了对未来的美好祝愿和对全院职工的期望。您可以根据具体场合选择合适的祝福语，以表达您的诚挚心意。