大学毕业证校长签名章使用蓝色的原因可能 与学校的一些习惯和象征意义有关。以下是一些可能的解释：
学校传统：
不同学校可能有不同的传统和习惯，蓝色签名章可能是某所学校特有的传统。
象征意义：
蓝色通常被认为是大海和蓝天的颜色，象征着广阔的天空和自由飞翔，校长可能希望学生们毕业后能在广阔的天空中自由发展。
视觉效果：
蓝色的字体比较醒目，用于签名章可以增强其视觉效果，使毕业证更加美观和专业。
认可与区分：
校长签名章周围有蓝色的底纹，这可能代表校长所盖的章是承认毕业有效，并为学生今后的工作和发展起到一定的帮助。
时代变化：
从历史角度看，毕业证的背景色和校长签名章的颜色在不同年代有所不同。例如，2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景，而近年来则要求是蓝色背景，这也可能是校长签名章使用蓝色的原因之一。
综上所述，大学毕业证校长签名章使用蓝色可能是基于学校的传统、象征意义、视觉效果、认可与区分以及时代变化等多种因素的综合考虑。