协商结案是指当事人通过协商达成一致，解决纠纷后，向法院或相关机构申请结案的程序。以下是协商结案的详细步骤：
制作相关协议文书
双方需要就协商结果制作书面协议，明确约定双方就判决相关的权利义务已达成新的一致解决方案，并且写明原判决相关事项已通过协商处理完毕。
向法院提交申请材料
提交双方签字确认的协商协议。
以书面形式向作出判决的法院提出结案申请，在申请中简要说明双方已协商解决纠纷，请求法院对案件予以结案。
法院审查处理
法院会对提交的协议和结案申请进行审查。如果法院认为双方的协商协议符合法律规定，没有损害国家、集体或者第三人利益等违反法律强制性规定的情形，法院将根据双方的协商结果及结案申请，对案件进行结案处理，例如在系统中标记案件已结案等操作。
履行协议内容
如果在判决中有执行内容，如一方需要向另一方支付款项或者交付物品等，要确保按照和解协议履行完毕相应义务，法院可能会要求提供履行完毕的证明，以完成结案流程。
总结起来，协商结案的程序包括制作和解协议、提交和解协议及申请、法院审查并确认、履行协议内容并完成结案手续。整个过程中，双方应保持诚实信用，确保协议内容的真实可靠，避免后续纠纷的发生。