刷程序对汽车有以下几个主要的负面影响：
丧失4S店保修服务：
一旦车辆接受了刷程序，它将丧失4S店的保修服务。这意味着如果刷程序后出现问题，车主将需要自行承担维修费用。
发动机超频工作：
刷程序会使发动机处于超频工作状态，这不仅增加了燃油需求，还可能导致冷却系统不堪重负，发动机温度过高，严重时甚至危及车辆的使用寿命。
对汽油品质要求更高：
刷ECU后，发动机需要更高品质的汽油作为燃料，通常需要加95号汽油，否则可能会影响发动机的健康和性能。
温度要求更高：
超频运行的发动机对冷却系统的依赖性显著增强，如果冷却系统不足或者维护不当，会导致发动机温度过高，影响其寿命。
影响年检和车检：
刷程序的车辆可能无法通过年检和车检，需要额外花钱找人以通过相关检测。
降低发动机可靠性、耐用性和使用寿命：
刷程序可能会牺牲发动机的可靠性、耐用性和使用寿命，尽管短期内可能会提升动力性能。
增加养车成本：
由于需要更高品质的汽油和可能的定期维护，刷程序会增加车主的养车成本。
综上所述，刷程序虽然可能在短期内提升汽车的动力性能，但长远来看可能会带来更多的负面影响，包括丧失保修服务、增加燃油消耗、降低发动机寿命等。因此，在决定是否刷程序时，车主需要仔细权衡这些潜在的风险和收益。