中药保护程序是指国家为了加强中药品种的保护，促进中药事业的健康发展而制定的一系列规定和步骤。以下是申请中药品种保护的主要程序：
申请
中药生产企业对其生产的符合相关规定的中药品种，可以向所在地省、自治区、直辖市的中药生产经营主管部门提出申请，也可以直接向国务院卫生行政部门提出申请。
初审
所在地省、自治区、直辖市的中药生产经营主管部门在接到申请后，会签署意见并转送给同级卫生行政部门进行初审，初审通过后签署意见并上报国务院卫生行政部门。
审评
国务院卫生行政部门委托国家中药品种保护审评委员会对申请保护的中药品种进行审评，审评委员会应当自接到申请报告书之日起六个月内作出审评结论。
决定
根据国家中药品种保护审评委员会的审评结论，国务院卫生行政部门会征求国家中药生产经营主管部门的意见后决定是否给予保护。批准保护的中药品种，由国务院卫生行政部门发给《中药保护品种证书》。
公告
对批准保护的中药品种以及保护期满的中药品种，由国务院卫生行政部门在指定的专业报刊上予以公告。
重新申请
国务院卫生行政部门批准的新药，按照国务院卫生行政部门规定的保护期给予保护。在保护期限届满前六个月，可以重新依照规定申请保护。
需要注意的是，申请中药品种保护的企业需要按照国务院卫生行政部门的规定，向国家中药品种保护审评委员会提交完整的资料，包括中药的组成、制备方法、使用方法及有效剂量，并附上药效学试验报告和临床试验总结等必要文件。
建议在申请过程中，企业应确保提交的资料真实、完整，并充分了解相关法规和要求，以提高申请成功的几率。