微信小程序的费率根据不同的行业类目和商户类型有所不同。以下是主要的费率标准：
普通行业
交易手续费率为0.6%。
特定行业
民办大学及学院、公立医院、公立院校及指定要求的挂号平台、大学院校及公益基金会：费率为0%。
交通罚款：费率为0.1%。
水电煤暖气民生缴费、信用还款（不涉及理财和信用卡）：费率为0.2%。
加油、物流快递、民办中小幼、民办中小学、幼儿园：费率为0.3%。
通过第三方服务商申请
通过小程序第三方服务商平台代申请配置微信支付，成为服务商授权的特约商户，操作流程相对简单快捷，交易费率一般根据行业类目可以授权下调至0.2%-0.38%。
小程序商城
微信小程序商城售卖鲜花的支付手续费通常为交易金额的0.6%。
其他费用
小程序注册费包括认证费300元。
服务器租赁、数据库维护等费用，按年收费，一般在1000元以上。
购买备案域名的费用，每年几十元。
SSL证书的费用，SSL证书按年续期，有免费证书和收费证书。
源代码开发成本，功能越多，成本越高，源代码定制开发成本一般为数万起。
系统维护费，系统开发后，除非自行维护，否则一般每年支付维护费。
建议商户在选择小程序费率时，综合考虑自身的业务需求和预算，选择最适合自己的费率方案。