运输检疫的程序一般包括以下几个环节：
运前检疫
运输前，货主或代理人需要提前申报检疫，并提交相关的申报材料。
动物卫生监督机构在接到检疫申报后，会及时审查申报材料，决定是否予以受理。
受理后，官方兽医会实施检疫，可能包括临床健康检查等。
检疫合格的动物会获得动物检疫证明，而不合格的动物则需要按照相关规定进行处理。
运输时的检疫
运输过程中，动物或动物产品需要接受检疫人员的检查，可能包括现场检疫和实验室检疫。
对于动物，可能还需要在指定的隔离场进行隔离检疫，隔离时间根据动物种类和检疫要求而定。
到达目的地后的检疫
动物或动物产品到达目的地后，需要再次接受检疫，确保没有疫病传播的风险。
检疫人员会根据检疫结果，决定是否允许货物进入市场或进一步运输。
检疫结果的判定和出证
根据检疫结果，按照相关法规和标准，出具相应的检疫证明或处理通知单。
对于不合格的检疫物，会通知货主或其代理人进行除害、退回或销毁处理。
复检
在某些情况下，检疫结果可能需要进行复检，以确保检疫结果的准确性和可靠性。
申报材料
货主在申报检疫时需要提供一系列材料，包括动物免疫证、临床检查报告、运输犬的狂犬免疫抗体检测合格报告等。
这些程序旨在确保动物及其产品在运输过程中不会传播疫病，保障公共卫生安全。建议货主在运输前仔细了解并遵守相关检疫规定，以减少不必要的麻烦和损失。