配方保密程序主要包括以下几个方面：
配方审核与审批制度
研发人员在选择配方后，首先进行自查，核对国标及相关标准。
将具体准确配方（使用比例）和审核表一起提交给标准或规范室人员进行审核。
审核通过后，再提交给总工进行审批。
最后，将审核及审批表交由配方管理人员保管，并将具体配方复印一份交由配料人员进行配料和登记交接。
保密措施
配方不只要保密，还要从技术方面考虑，如生产配料的管理，避免管理太严格导致财务无法监控，同时也要防止产品出问题时的证据不足。
通用材料由配料室称量，部分可以单独复配的小料复合在一起，复合后原料编号后进入生产车间，车间再由配料室按编号数量称量，以达到保密效果。
保密协议
与参与配方制作的员工签订保密协议，明确知晓泄露配方所应承担的法律责任。
保密协议是指协议当事人之间就一方告知另一方的书面或口头信息，约定不得向任何第三方披露该等信息的协议，违反协议将面临民事责任甚至刑事责任。
内部保密制度
企业要建立严格的内部保密制度，对涉及配方的人员进行背景调查和保密培训。
这些人员需签署保密协议，明确知晓泄露配方所应承担的法律责任。
定期评估审计配方安全性，检查保密制度的执行情况、存储设施的安全性、传输过程的加密效果等，及时发现并解决潜在的安全隐患。
物理保密
申请专利，对于一些特大型的、特别是国际型的餐饮，可以用申请专利的方法防止配方泄露。
把原材料制成半成品，然后分发到各个分店，分店只进行简单的加工和销售，对于配方根本就没法接触。
编号管理法
所有原料编号，配方上只显示编号，生产车间、库房只涉及编码，任何人员不知原料具体名称。
需要原料供应商支持，单独为公司包装或者用空白包装，所有配方需要更换成编码式，库房管理人员、生产配料人员需加大劳动力。
复合管理法
通用材料由配料室来称量，部分特殊小料复合在一起以复合原料的形式进入生产车间，这样可以达到保密的效果。
需要设立单独的分料式和原料复合工作室，配方对一部分人依然没有保密。
通过以上措施，企业可以有效地保护配方的保密性，防止配方泄露，从而保护企业的核心竞争力。