定密工程程序一般包括以下步骤：
定密程序启动
定密程序通常在国家秘密产生的同时启动，这包括涉密数据形成、涉密文件起草等时刻。
承办人提出定密意见
承办人需根据相关保密事项范围，采用“对号入座”的方法，拟定密级、保密期限和知悉范围，并在国家秘密载体上做出国家秘密标志，然后报定密责任人审核批准。
定密责任人审核
定密责任人需对承办人提出的定密依据、拟定的密级、保密期限、知悉范围或变更、解除的建议进行审核。若同意，则签字认可；若不同意，则直接纠正或退回承办人重新办理。
文字记载和通知
定密后需进行书面记录，注明承办人、定密责任人和定密依据，并存档备查。同时，应通知应知晓该秘密事项的单位及人员。
特殊定密类型处理
对于不明确或存在争议的事项，需采用特殊定密类型程序进行定密。例如，定为绝密级国家秘密需报中央国家机关业务主管部门或国家保密局批准确定；定为机密级、秘密级国家秘密则需报省（市、区）保密行政管理部门批准确定。
建立台账
最后，需建立定密工作台账，以便于管理和追踪定密工作的相关事项。
这些步骤共同构成了定密工程程序，确保国家秘密的确定、变更和解除工作严格、规范、有序进行。