合并支部的程序主要包括以下几个步骤：
向上级党委提出请示
党支部或基层单位因机构改革、职能调整或其他原因需要合并党支部时，应首先向上级党委提出设置基层党组织的请示。
上级党委批复
上级党委在收到请示后，应根据实际情况给予批复。如果党员人数较多（超过50人），建议成立党总支，并由总支委员会下设若干支部委员会。
召开党员大会
在上级党委批复后，需要组织召开党员大会，选举产生新的支部委员会。原支部书记不做报告，由上级指定一名负责人来召开党员大会。
选举产生支部委员会
在支部委员会第一次会议上，选举产生书记（副书记）和其他委员，并安排各委员的分工。
变更党支部名称
合并后的党支部名称一般应随着新机构的名称进行变更。如果党员人数较多，建议成立党总支，并在总支委员会下设立若干支部委员会。
上报选举结果
选举结果需要报上级党委备案，以确保合并过程的合规性和透明度。
办理组织关系转移
对于需要撤销的党支部，其党员的组织关系应转入到其他党支部。具体操作时，可以先将一个党支部撤销，将其党员组织关系转入另一个党支部，然后对后者进行更名。
刻制新印章
合并后，需要重新刻制党支部的印章，以反映新的组织结构和名称。
通过以上步骤，可以顺利完成党支部的合并工作，确保党的基层组织的正规化和高效运作。