涉农纠纷的处理程序一般包括以下几个步骤：
协商处理
当事人可以先通过协商的方式解决纠纷，尊重历史、尊重事实、兼顾现实。
调解处理
如果协商无果，可以请求村委会、人民调解委员会或当地人民政府土地管理部门进行调解，并签订权属地界协议书。
政府处理
调解不成的情况下，根据《土地管理法》的规定，争议双方可以向区、县级以上人民政府或乡级人民政府提出处理申请，由受理机关进行调解或直接作出处理决定。
法院诉讼
当事人对人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院提起诉讼。
仲裁处理
在一些情况下，当事人也可以选择向土地仲裁机构申请仲裁，如果仲裁仍未解决，可以直接向人民法院起诉。
建议当事人在处理涉农纠纷时，先尝试通过协商和调解解决，如果这些方法都无法解决问题，再考虑通过法律途径，包括向人民政府申请处理和向人民法院提起诉讼。在整个过程中，保留好所有相关证据和文件，以便在需要时能够提供证明。