询证函替代程序主要包括以下几种：
检查相关合同和内部审批记录
查看与业务相关的合同条款、内部审批文件等，以验证交易的真实性和合理性。
核对运输物流单据、收发货记录单据
确认货物的运输和收发情况。
查验发票
核实交易的金额和相关信息。
审查对方签收单据
证明对方已收到相关货物或服务。
检查收付款银行单据
了解资金的收付情况。
电话询问并录音
致电对方询问相关信息并进行录音，电话中需标明询问者身份和确认被询问者身份。
与负责应收账款记账和业务收款的人员验证
例如和业务客户经理、往来会计、财务经理等进行沟通确认。
实地走访
对于金额巨大的情况，可以采用实地走访的方式。
再次发函
如果初次发函未收到回函，可以再次发函尝试获取回复。
使用对账单
对于特别小金额的银行函证，可以使用对账单替代，但前提是对账单要亲自去银行打印。
亲自查看被审计单位的网银余额
通过查看被审计单位的网银余额，了解资金情况。
检查存货的盘存情况
虽然存货的盘存与应收账款没有直接相关性，但可以作为辅助手段了解被审计单位的存货管理情况。
检查日后收款情况
通过检查资产负债表日后收回的货款，验证相关收款单据的真实性和相关性。
检查形成应收账款余额的合同、发票、销售单、出库单等文件
这些文件能够证明应收账款的存在和发生。
检查被审计单位与客户之间的往来邮件
如有关发货、对账、催款等事宜的邮件，可以作为间接证据。
这些替代程序可以在未收到询证函回函时，帮助注册会计师获取必要的审计证据，从而确保审计工作的准确性和完整性。