专门矫治教育的程序主要包括以下几个步骤：
评估与决定
根据《预防未成年人犯罪法》第45条，教育行政机关和公安机关可以决定对其采取专门矫治教育。
对于构成犯罪但未达刑事责任年龄的未成年人，如果父母或其他监护人或学校无力管教或管教无效，可以向教育行政部门提出申请，送至专门学校进行专门教育。
执行与场所
专门矫治教育的执行场所为专门学校，采取闭环管理的执行方式。
专门学校应当对接受专门教育的未成年人分级分类进行教育和矫治，有针对性地开展道德教育、法治教育、心理健康教育，并根据实际情况进行职业教育。
程序启动与递进
针对有严重不良行为的未成年人，一般情况采取第41条规定的矫治教育措施，如果父母等监护人或学校无力管教或管教无效的，可按照第43条的规定，提出申请，送至专门学校进行专门教育的措施。
如果严重不良行为达到第44条的规定，那么无需经家长或学校申请，教育行政部门和公安机关可以决定将未成年人送至专门学校接受专门教育。
解除与转回
专门学校根据在校表现提请专门教育指导委员会，由专门教育指导委员会向原决定机关提出书面建议，由原决定机关作出是否解除、转回普通学校的决定。
监督与评估
专门矫治教育由专门的机构和人员来实施，包括教育行政管理部门、学校、家长等。
专门矫治教育的主要目的是通过教育和训练来改变和纠正未成年人的不良行为习惯和心理问题，帮助他们建立正确的价值观和行为模式。
综上所述，专门矫治教育的程序包括评估与决定、执行与场所、程序启动与递进、解除与转回以及监督与评估等步骤，以确保未成年人在专门学校接受有效的教育和矫治。