会计抵扣程序主要包括以下几个方面：
取得抵扣凭证
一般纳税人取得符合规定的抵扣凭证，如增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书等。
发票认证
对于纸质发票，可以通过扫描仪等设备进行扫描认证，或者前往税务机关办税服务厅进行认证。
对于电子发票，可以在增值税发票综合服务平台上进行勾选确认。
海关进口增值税专用缴款书稽核比对
需要在平台上申请稽核比对，比对相符后可作为进项税额进行抵扣。
计算可抵扣进项税额
将所有符合条件的进项税额汇总，在计算当期应纳增值税额时进行抵扣。
当期应纳增值税额 = 当期销项税额 - 当期可抵扣进项税额。
税务抵扣
抵扣主要涉及应纳税额的计算，企业会记录各种成本和费用支出，税法允许部分成本或费用支出可以从应纳税额中减除。
会计账务处理
在进行账务处理时，企业会根据相关税法规定进行抵扣，确保账目准确反映企业的经营情况和税务负担。
固定资产抵扣
企业在计算应纳税所得额时，将购置的固定资产费用按照一定比例抵扣于当期的应纳税所得额中，以减少企业的税负。
抵扣申请与审核
纳税人可以通过个人自行申报或单位代扣两种方式办理抵扣税，需要提交相关的抵扣清单和申请，并由税务机关进行审核和比对。
抵扣凭证的使用
公司凭税务局下达的增值税抵扣凭证就可以抵扣增值税。
以上是会计抵扣程序的主要步骤和注意事项，企业应严格按照相关税法规定和流程进行操作，以确保抵扣的合法性和准确性。