股权投资清算程序主要包括以下几个步骤：
确定清算主体
由公司股东会作出公司解散的决议，决议必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
决议通过后，15天内成立清算组。
通知债权人
清算组应在成立之日起10日内通知债权人，并在60日内在报纸上至少公告3次。
债权人应在接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自第一次公告之日起90日内，向清算组申报其债权。
清理和确认基金财产
清算组需编制资产负债表和财产清单，并进行清理。
清算组应对债权进行登记，并对公司财产进行盘点和评估。
分配基金财产
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，需制定清算方案，并报股东会或人民法院确认。
清算方案确认后，按清算方案执行，优先支付清算费用、职工工资、社保费用、法定补偿金及所欠税款和公司债务。
剩余财产按股东的出资比例或基金合同的约定进行分配。
编制清算报告
清算结束后，清算组应制作清算报告，报给股东会或人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
以上步骤构成了股权投资清算的主要程序，确保清算过程的合法性、公正性和透明度。建议在实际操作中严格遵循相关法律法规，并在必要时寻求专业法律人士的协助。