实施替代程序的主要原因包括：
原计划程序无法执行：
由于某些客观原因（如天气变化、设备故障等），注册会计师可能无法执行原定的审计程序。例如，因天气原因无法进行监盘，就应当执行替代程序，如检查存货的收发凭单等原始凭证。
实现既定审计目标：
当已执行的程序无法实现既定的审计目标时，注册会计师需要寻找其他程序来达到相同的审计效果。例如，通过变量抽样测试发现推断的总体误差过大，注册会计师可能会放弃抽样结果，转而执行更为详细的实质性测试程序。
确保审计质量：
在某些情况下，即使替代程序的效果可能不如原计划程序，但为了确保审计工作的质量和完整性，注册会计师仍然需要执行这些替代程序。例如，在应收账款的替代审计程序中，通过检查和核对销售发票、出库单等原始凭证，可以判断债权的真实性。
应对特殊情况：
在特殊情况下，如系统维护、技术迁移或解决兼容性问题，可能需要使用替代程序编程来重写或重新构建系统，以提高系统的性能、可维护性和可扩展性。
综上所述，实施替代程序是为了确保审计工作的顺利进行，实现审计目标，并保证审计质量和完整性。