果树常规育种程序一般分为三个阶段：
选育阶段
收集并选育种源材料，包括直接从自然变异中选取的优良单株、从国内外引入的品种（系）、诱变获得的优良单株等。
在选种圃中培育这些材料，开始结果后，经过连续3年以上的观察和鉴定，选出优良类型进入品种试验阶段。
试验阶段
品种试验阶段是评选品种优劣的决定性阶段，包括品种比较试验和适应性试验。
将选出的单系和对照品种一起种植，进行单系与对照之间以及单系之间的比较。
通常以当地同期成熟的主栽品种作为对照，结果后进行3~5年全面观察，包括园艺性状、果实性状和栽培要点等。
整理和统计分析所获数据，写出新品种选育报告，由当地品种审定委员会或有关单位作出全面鉴定，确认优良后，颁发品种证书。
繁育推广阶段
根据新品种证书，建立原种园或利用区，保存典型原种，承担繁育任务，严格执行繁育制度，加速新品种的繁育和推广。
为种植单位提供纯正优良的苗木，确保新品种的广泛种植和应用。
此外，果树育种还可以采用一些辅助方法，如诱变育种、杂交育种、芽变选种等，以创造新的变异类型和选育出具有优良性状的新品种。
建议在实际育种过程中，根据具体目标和实际情况，选择合适的育种方法和程序，以提高育种效率和成功率。