村主任辞职的程序如下：
提交书面辞职申请
村主任需以书面形式向上级党委提出辞职申请，内容包括辞去的职务和辞职的原因。
上级党委审核
乡党委在接到辞职申请后，应对辞职原因、条件等有关情况进行了解核实，并提出初步审核意见。审核中应听取干部所在村组的意见，并对村干部本人谈话。
村民会议或村民代表会议讨论
根据干部现任职务性质，召开其所在村党员会议或村民代表会议讨论通过。对于组织劝辞的干部，应及时向乡党委提出书面辞职申请。劝辞后仍拒不辞职的村支两委成员，是村支委班子成员的由乡党委予以免职处理，是村委成员的启动依法罢免程序。
公告辞职请求
村民委员会应当在三十日内召开村民会议或者村民代表会议决定是否接受其辞职，并对辞职请求进行表决。表决通过后，应在五日内将结果公告。
办理辞职手续
辞职者需填写村委会成员辞职申请表，一式三份，分别报镇人民政府、区民政部门备案及存档。此外，辞职者可能还需办理其他相关手续，如工作交接、财务清算等。
享受补贴
对于村干部离职申请补贴，必须经过村民评议，符合要求后，村里两委会进行会议评议审核，最后上级党委部门审核，并且每道程序都进行公示，最后无异议后才能享受补贴。
这些程序确保了辞职过程的规范性和透明度，保障了村民的知情权和参与权。建议村主任在辞职前仔细阅读相关规定，并按照程序逐步办理，以确保辞职过程的顺利进行。