雁荡山的历史故事包括以下几方面：
金乌与雁荡山的传说
相传，古时有一只神鸟名为“金乌”，它在天空飞翔时撞上了一座山峰，头破血流，倒在了雁荡山上。从此，金乌化为了雁荡山的一片美丽景色，而这座山也就因为金乌的到来而得名“雁荡山”。
南朝梁国昭明太子与雁荡山
南朝时期，梁国昭明太子在芙蓉峰下建寺造塔，为雁荡山开山之始。
唐代高僧诺讵那与雁荡山
唐代时期，西域高僧诺讵那因仰慕雁荡山“花村鸟山”之美名，率弟子三百来雁荡山弘扬佛教，被奉为雁荡山开山鼻祖。
龙鼻水与雁荡山的传说
雁荡山有一座名为“龙鼻水”的景点，传说这座山以前并不叫雁荡山，而是叫“庸鼻山”。在南北朝时，有一位名叫诺矩罗的印度高僧来到浙江，他看到庸鼻山非常美丽，就定居在那里。他每天打坐念经，不吃五谷，只用鼻水充饥，每天呼吸风息。他的鼻子像龙一样长而灵巧，因此他被当地人尊称为“龙鼻祖”。随着时间推移，诺矩罗的名声传遍江南，许多人都前来向他学习。他收了许多徒弟，其中一个特别聪明、天资聪颖的少年叫谛辉。谛辉与龙女相爱，两人私下在一起生活了一段时间。然而，龙王得知此事后，大为愤怒，派遣神兵来寻找龙女。为了保护谛辉和龙女，龙鼻祖亲自与神兵交锋，最终受伤去世。为了纪念龙鼻祖，当地人将庸鼻山改名为“雁荡山”。
朱元璋与雁荡山
元朝末年，朱元璋大军南下，攻打温州时，因白鹿城有神鹿守卫而受阻。朱元璋在逃亡过程中误入雁荡山，因渴而大叫“苍天在上，快赐我甘露吧!”，随后剑插地上，一股清泉喷出。朱元璋用泉水洗了浴，伤口愈合，力气大增。他跑上峰尖，见一湖荡，以为便是佛经中所谓“雁荡龙湫”，于是在当地结茅蓬安居。五代末，愿齐和尚寻访诺矩罗遗址，至明王峰顶，见一湖荡，以为便是佛经中所谓“雁荡龙湫”，并在当地结茅蓬安居。吴越王钱俶为愿齐师徒建立普照道场，以平阳县赋税供养，后来他们分别建立了十八个寺院。
观音洞的传说
在雁荡山的方洞有个观音洞，相传在一千年前，观音洞里住着狐狸、蜈蚣精和狼，他们都很凶暴。一日，一个老和尚来到方洞，在观音洞里念经，岩石上的水滴一点一点地滴下来，老和尚称其为“清泉”，老和尚念了一天一夜，住在这观音洞里的狐狸蜈蚣精和狼都戏弄老和尚，但老和尚还是管念自己的经，不去理他们。最终，狐狸、蜈蚣精和狼都受到了感化，改过自新。
这些传说故事为雁荡山增添了丰富的历史和文化内涵，使其成为一座充满神秘色彩的名山。