检察院不起诉的内部审程序主要包括以下几个步骤：
承办检察官的初步审查
承办检察官在审查起诉阶段，根据案件事实、证据及法律规定，初步判断案件是否符合不起诉的条件。如果认为案件应作不起诉处理，检察官需撰写《不起诉意见书》，并说明不起诉的合理性。
业务部门集体审查
承办检察官将案件提交给检察院内部的业务部门进行讨论。业务部门以集体讨论的方式对案件进行全面审查，讨论是否同意承办检察官的不起诉建议。讨论结论以多数意见为准。如果多数成员认为不起诉合理，则案件有机会进一步审查；若多数人不同意，则不起诉建议将被否决，案件可能重新审查或移送起诉。
副检察长复审
业务部门同意不起诉后，案件会报送给分管该部门的副检察长。副检察长对案件的材料进行深入复审，重点关注案件是否存在程序瑕疵、事实认定是否准确、法律适用是否恰当等问题。如果副检察长审查后认同业务部门的意见，才会将案件进一步提交给检察院的最高领导——检察长。
检察长决定
在所有审核程序通过后，案件最终报送给检察长进行签署和批准。检察长的决定是整个不起诉流程中的最后一步。只有检察长签字同意，案件的不起诉决定才算正式生效。
宣布和送达
人民检察院应公开宣布不起诉决定，并将不起诉决定书分别送达被不起诉人及其所在单位、被害人或者其近亲属以及被害人的诉讼代理人。送达时，应当告知被害人或其近亲属、诉讼代理人，如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉直接向人民法院起诉。
解除强制措施
对于被不起诉人，如果其在押，应当立即释放。
移送有关主管机关处理
如果检察院认为需要对犯罪嫌疑人进行行政处罚、处分或者需要没收其违法所得，应提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
申诉复查
被害人或被不起诉人如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向人民检察院申诉。人民检察院应对申诉进行复查。
以上步骤确保了检察院在作出不起诉决定时的合法性、准确性和公正性。