在阿里巴巴中，马云和蔡崇信被选为永久合伙人，主要基于以下原因：
一致行动协议：
马云和孙正义签订了一致行动协议，这使得马云在公司中拥有更大的控制权，尽管他可能并不拥有最多的股份。
阿里巴巴的合伙人制度：
阿里巴巴实行的是同股不同权的股权架构，即公司的控制权并不完全取决于股权比例。马云通过合伙人制度，确保了公司的控制权在自己手中。在这种制度下，只有马云和蔡崇信是永久合伙人，这意味着他们在公司决策中拥有特殊的地位和权力。
蔡崇信的个人能力和贡献：
蔡崇信在阿里巴巴的早期发展中起到了关键作用，他不仅帮助马云设计了合伙人制度，还在公司成立初期提供了重要的资金和资源支持。蔡崇信的法律背景和高级投资经理的经验，使得他在公司决策和管理中发挥了重要作用。
马云和蔡崇信的关系：
马云和蔡崇信的关系非常密切，两人不仅是商业伙伴，更是朋友和信任的搭档。蔡崇信对马云的支持和信任，使得他在公司中获得了特殊的地位。
综上所述，马云和蔡崇信被选为阿里巴巴的永久合伙人，是因为他们在公司中的特殊地位、对公司的贡献以及他们之间的关系。这种安排使得他们在公司的决策和管理中拥有更大的权力和影响力，从而确保了公司的长期稳定发展。