软件企业计算GDP的方法可以参照以下三种方法：
生产法
生产法是从生产层面计算国民生产总值的一种方法。对于软件企业来说，直接产出包括软件产品和服务的销售收入，间接产出包括其他行业由于软件技术应用带来的附加值，知识产权的价值则体现在专利等方面。计算公式为：
\[ GDP = 总产出 - 中间投入 = 增加值 \]
其中，增加值 = 软件产品销售收入 + 其他行业因软件技术应用带来的附加值 + 专利价值等。
收入法
收入法是从生产过程中各规模经济造就收益的层面计算GDP的一种方法。软件企业的增加值相当于劳动者报酬、固定资产折旧、生产税净额和营业盈余四项总和。计算公式为：
\[ GDP = 劳动者报酬 + 固定资产折旧 + 生产税净额 + 营业盈余 \]
其中，劳动者报酬包括员工工资、福利等；固定资产折旧包括办公设备、软件等资产的折旧；生产税净额包括企业应缴纳的各种税费减去补贴；营业盈余包括企业盈利减去税费后的余额。
支出法
支出法是以最终使用的角度来计算GDP以及使用去向的一种方法。对于软件企业来说，最终消费包括企业内部的软件使用、外部客户购买软件产品与服务等；资本形成总额包括企业购买或投资新的软件设备、技术等；净出口包括企业出口软件产品与服务减去进口相关产品与服务的差额。计算公式为：
\[ GDP = 最终消费 + 资本形成总额 + 净出口 \]
其中，最终消费 = 企业内部软件使用 + 外部客户购买软件产品与服务；资本形成总额 = 企业购买或投资新的软件设备、技术等；净出口 = 企业出口软件产品与服务 - 进口相关产品与服务。
建议
软件企业在计算GDP时，可以根据自身业务特点和需要，选择以上三种方法中的一种或多种方法进行计算。同时，为了确保计算的准确性和完整性，企业应收集和整理相关的财务数据、销售数据、知识产权数据等，并进行适当的会计处理和估算。此外，企业还可以参考国家统计局或其他权威机构发布的GDP计算方法和相关指导，以确保计算结果符合国家和行业的统计标准。