公司申请软件著作权可以通过以下步骤进行：
确定申请方式
自行办理：如果公司不急于使用证书，可以自己办理软件著作权申请，这样成本较低且流程相对简单。需要熟读申请流程及材料整理要求，整个流程大约需要2-3个月，加急则可以在50天左右完成。
委托代理：如果公司急于使用证书或希望节省时间和成本，可以选择委托专业的版权代理服务机构来办理。代理服务机构的费用根据具体情况而定，一般会比自行办理更省事。
准备申请材料
软件基本信息：包括软件名称、版本号、开发完成日期、开发及运行环境、软件功能介绍、著作权人信息等。
软件文档：用户手册或详细设计说明书，具体提交哪一份取决于软件是否有界面。有界面的软件需要提供软件截图手册，无界面的软件如嵌入式软件则需要提供详细设计说明书。
代码文档：提交软件源代码的前1500行和后1500行，共3000行以上源代码。如果全部源代码少于3000行，则需提供全部源代码。
其他材料：包括公司营业执照副本、法人身份证明等主体资格证明资料。
生成并递交申请表
生成申请表：通过实名认证账号登录版权中心网站，生成软件著作权登记申请表。
递交材料：将申请表和所有必要的申请材料（包括盖章的签章页等）递交给官方指定的受理机构。
等待审核与领证
初步审查：版权中心在收到申请后，将对申请材料进行初步审查，如果发现问题或不符合要求，会发放补正通知，要求公司在规定时间内进行补正。
实质审查：初步审查通过后，版权中心将进行实质审查，审查过程大约需要31-35个工作日，之后会公告发证。
领取证书：审核通过后，公司可以在规定时间内领取软件著作权登记证书。
建议
提前规划：提前准备好所有必要的申请材料，确保材料的真实性和完整性，避免因材料问题导致申请失败。
选择专业机构：如果条件允许，建议选择专业的版权代理服务机构来办理，以确保申请过程顺利且节省时间。
及时沟通：在申请过程中，保持与版权中心的沟通，及时响应补正通知，确保申请能够顺利进行。