对已经开发好的软件进行加密可以通过以下几种方法：
硬件加密
加密狗：是一种常用的硬件加密方式，通过将软件部分放入硬件设备（如自毁芯片）中，限制软件的复制和分发。这种方法可以有效地防止软件被非法复制和使用。
代码混淆
代码混淆是一种通过改变代码结构和命名规则，使代码难以阅读和理解的技术。这可以增加破解的难度，保护软件的实现细节不被轻易获取。
加密壳保护
加密壳是一种将软件代码包裹在加密保护层中的技术。在运行时，加密壳会动态解密代码并执行，从而防止直接反编译和修改软件。
许可证控制
许可证控制是一种基于授权的加密方法，通过验证用户的许可证信息来决定是否允许软件运行。许可证可以包含用户的身份信息、授权期限等信息，确保只有合法用户才能使用软件。
软件注册
软件注册通过生成独一无二的产品密钥或序列号，要求用户输入正确密钥才能激活软件的全部功能。这种方法通常结合在线验证，进一步增强安全性。
时间限制或使用次数限制
限制使用：可以设定软件只能在特定时间段内或限定次数内运行，超过限制则需要重新激活或购买授权，从而防止软件被长期滥用。
硬件绑定
硬件绑定是将软件授权与特定硬件设备（如CPU ID、硬盘序列号）绑定，使软件仅能在指定硬件上运行，增加软件的安全性。
网络许可证验证
在线验证：每次软件运行时向服务器验证许可证状态，确保软件使用的合法性和时效性，适用于需要远程管理的软件。
第三方加密工具
专业加密软件：使用如安企神、域智盾等专业加密软件，它们提供了加密、授权管理和反调试等功能，简化加密过程，适用于企业级应用。
建议
选择合适的加密方法需要综合考虑软件的特点、安全需求和成本。对于高价值的专业软件，建议采用硬件加密和许可证控制相结合的方式，以确保软件的安全性。对于一般的商业软件，可以考虑使用代码混淆、加密壳保护和许可证控制等方法，以平衡安全性和用户体验。