乾隆确实知道小燕子不是他的亲女儿，但他仍然封她为“还珠格格”。原因如下：
情感因素：
乾隆对小燕子有着深厚的感情，他认出了小燕子，并且喜欢她的开朗与机智。尽管后来知道了真相，但情感上已经难以割舍。
避免政治风波：
乾隆担心如果小燕子的真实身份被揭露，会牵扯出他过去的事情，对皇室形象和个人声誉造成不利影响。因此，他选择继续封小燕子为格格，以掩盖真相。
宫廷压力：
当时社会上有很多人怀疑小燕子的身份，但乾隆为了维护自己的形象和权威，选择高调地承认小燕子的格格身份，并带她祭天游街，以此来压制外界的质疑声音。
紫薇的意愿：
紫薇在进入皇宫后，也希望能成为乾隆的妃子。乾隆为了满足紫薇的愿望，同时也为了掩盖小燕子的身份，最终封小燕子为格格，并允许紫薇进入皇宫。
综上所述，乾隆知道小燕子不是亲女儿，但出于情感、政治和宫廷压力等多方面的考虑，他仍然选择封她为“还珠格格”。