在HMmer软件中设置阈值通常涉及以下几种方式：
通过`-T`参数设定
`-T`参数用于设置搜索结果的 bit-score阈值。例如，设定bit-score阈值为15的命令如下：
```
hmmsearch -T 15 ZAR1.hmm Hongyang_pep.fa > hmmer_bit.out
```
默认的bit-score阈值是10，这意味着每个搜索报告大约包含10个错误结果。
通过`-E`参数设定
`-E`参数用于设置 期望值（E-value）阈值。例如，设定期望值阈值为0.0001的命令如下：
```
hmmsearch -E 0.0001 ZAR1.hmm Hongyang_pep.fa > hmmer_e.out
```
如果设定的阈值是e-100类似形式，可能会报错，因此建议比对后使用`awk`等工具进行过滤。
建议
选择合适的阈值：根据具体的搜索需求和结果质量要求，选择合适的bit-score或E-value阈值。较高的阈值会减少误报，但可能会错过一些真实结果；较低的阈值会增加召回率，但可能会包含更多误报。
使用工具进行后处理：对于复杂的比对结果，建议使用文本处理工具（如`awk`）进行进一步的过滤和整理，以确保结果的准确性和可读性。