上海软件企业节税的方法主要包括以下几点：
高新技术企业税收优惠
符合条件的企业可以享受15%的优惠税率，而非一般企业的25%税率。
软件企业可以申请成为高新技术企业，从而减按15%的税率征收企业所得税。
研发费用税前扣除
部分软件企业的研发支出可以按一定比例加计扣除，减轻企业的税务负担。
研发费用加计扣除政策已经升至100%且长期实施。
税收优惠政策
在全国有特殊经济园区里，软件企业可以申请企业所得税的税收奖励。
在税收洼地如上海或重庆注册个人独资企业，不需要缴纳企业所得税，个人所得税进行核定征收，从而解决成本问题。
增值税优惠
符合技术转让、技术开发免征增值税优惠条件的纳税人可以享受免征增值税优惠。
在特殊经济园区内注册企业，可以申请增值税的税收奖励。
内部成本结构优化
企业应合理利用地方层面的税收优惠政策，如财政扶持奖励政策，通过在税收优惠园区设立新公司分流业务，享受税收奖励扶持。
优化内部成本结构，减少无效成本支出，提高效益。
产业奖励扶持政策
将部分利润分包到园区，并在园区内设立新的同类型有限公司，享受产业奖励扶持。增值税和企业所得税均可按照企业的实际纳税量获得地方政府的奖励。
注册个体户
在园区内注册个体户，可以享受个税的优惠，增值税减按1%征收，综合税率可控制在2%左右，并且免征企业所得税和分红税。
合理利用税收洼地
在税收洼地成立有限公司或个人独资企业，通过合理分包业务，享受核定征收，从而降低税负。
其他税务筹划方法
企业可以通过合理分配业务，享受产业奖励扶持政策，将部分利润分包到园区内的新公司，享受高额的税收返还。
通过成立采购中心，利用定价转移法和个体户核定征收方式，实现增值税和企业所得税的节税。
建议上海软件企业在实施节税措施时，综合考虑自身的业务特点和财务状况，选择最适合自己的税收优惠政策，并咨询专业的税务顾问或机构，确保合法合规地进行税务筹划。