软件企业收入认定标准如下：
企业基本条件
企业必须在中国境内（不包括港、澳、台地区）依法设立的居民企业，具有独立法人资格，主营业务为软件产品开发及相关信息技术服务。企业的设立必须具有合理的商业目的，不能以减少、免除或推迟缴纳税款为主要目的。
人员要求
汇算清缴年度中，专科及以上学历员工占月均职工总数比例至少达40%，研发人员占比不得低于20%。
技术要求
年度研发费用占销售（营业）收入总额比例不低于6%，且境内研发费用在总研发费用中占比超60%。
收入要求
汇算清缴年度软件产品开发销售及相关信息技术服务收入占企业总收入的比例不低于50%（嵌入式软件产品不低于40%），其中软件产品自主开发销售及相关信息技术服务收入占企业总收入的比例不低于40%（嵌入式软件产品不低于30%）。
知识产权要求
拥有专利、软件著作权等自主知识产权，为主营产品、业务筑牢法律保护“城墙”，抵御侵权风险、彰显创新成果归属。
其他要求
适配软件开发的场地、软硬件设施一应俱全，质量管理体系依循软件工程规范高效运转。
这些标准旨在确保软件企业具备一定的研发实力和市场竞争力，同时鼓励企业持续投入研发，促进技术创新和产业发展。