公司进行软件正版自查的方法和步骤如下：
确定自查范围
包括公司内部所有计算机、服务器、移动设备以及外部存储设备。
重点检查是否安装了正版软件、软件授权是否合法有效、软件使用是否符合相关法律法规和公司规定、是否存在私自安装和使用盗版软件的情况。
自查过程
内部设备检查：
对公司内部计算机、服务器、移动设备进行全面检查，确认是否安装了正版软件。对于发现的非正版软件，要求使用者立即卸载，并进行更换。
软件授权核查：
对公司内部软件授权进行核查，确认授权是否合法有效。对于即将过期的授权，提醒使用者及时续费。
软件使用检查：
对公司内部软件使用情况进行检查，确保使用行为符合相关法律法规和公司规定。对于违规使用行为，要求使用者立即整改。
外部存储设备检查：
对公司外部存储设备进行检查，确保没有存储和使用盗版软件的情况。
使用专业工具
可以使用专门的软件防护工具（如Ping32）进行全面扫描，自动识别出未经授权的盗版软件，并进行实时审计与告警。
自查结果处理
对自查中发现的问题进行记录，并制定相应的整改措施。
对于未安装正版软件的设备，要求立即进行安装和更换。
对于即将过期的软件授权，提醒并及时续费。
对于违规使用软件的行为，要求立即整改，并进行相关教育和培训。
持续监控与更新
定期进行软件正版化自查，确保公司内部软件使用持续符合法律法规和公司规定。
定期更新软件授权，避免因授权过期而导致的法律风险。
通过以上步骤和方法，公司可以有效地进行软件正版自查，确保使用的软件均为合法授权，维护公司的合法权益，并提高员工的知识产权意识。