软件开发企业可以通过以下方式免税：
研发税收优惠
研发费用加计扣除：企业可以将研发费用按照一定比例（如75%或100%）进行加计扣除，从而减少应税收入。
研发费用税收减免：一些国家会对符合条件的研发活动提供税收减免，例如美国的R&D Tax Credit政策允许企业将符合条件的研发费用直接从应纳税款中扣除。
税收优惠政策
增值税即征即退：软件企业销售自行开发生产的软件产品，可能享受增值税即征即退政策。
企业所得税优惠：符合条件的软件企业可能享受企业所得税减免政策，如减按15%的税率征收企业所得税。
技术合同免税
技术转让、技术开发及相关技术咨询、技术服务收入免征营业税：企业和单位从事技术转让、技术开发业务及相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元部分，减半征收企业所得税。
软件企业认定
申请软件企业认定：企业必须获得相关部门的认定，才能享受税收优惠政策。认定过程中需要提交企业营业执照、研发费用明细、软件产品登记证书等材料。
备案登记：获得软件企业认定证书后，企业需进行备案登记，提交相关材料和证明文件。
优化企业结构
设立研发中心：设立独立的研发中心可以使研发费用更加集中，从而更容易享受研发费用加计扣除政策。
分拆业务：将不同业务分拆成独立的子公司，可以使各子公司分别享受不同的税收优惠政策。
国际税收协定
双重征税协定：国际税收协定是解决跨国企业税务问题的重要手段，可以通过签订协定避免双重征税。
建议
企业应根据自身情况，详细了解并合理利用上述税收优惠政策，以减轻税负并提升竞争力。同时，建议定期关注国家和地方政府的最新政策动态，确保及时调整和申请相应的税收优惠。