软件保护源码权限的方法包括：
访问日志和监控：
建立全面的日志记录和监控系统，对所有访问行为进行追踪，确保任何异常行为都能被及时发现。
安全培训：
定期为开发人员提供安全培训，增强他们对常见安全威胁的认识，提升安全防范意识。
代码审查和审计：
实施严格的代码审查制度，并定期进行代码审计，以便及时识别和修复潜在的安全漏洞。
访问控制：
通过身份验证和访问控制机制，严格限制对源代码仓库和敏感文件的访问权限，确保只有授权人员才能访问。
安全开发流程：
将安全性融入到整个开发流程中，确保每个开发阶段都符合安全标准。
安全备份：
定期对源代码进行备份，并采取措施确保备份数据的安全，以防数据丢失或被篡改。
网络安全措施：
部署防火墙、入侵检测系统（IDS）、入侵防御系统（IPS）等网络安全设备，有效抵御外部攻击。
源代码标记：
在源代码中嵌入唯一标识，一旦发生泄露，可以快速追踪到泄露源头。
持续监控：
建立持续监控机制，实时检测对源代码仓库和系统的未经授权访问或异常活动。
SDC沙盒：
SDC沙盒作为一个高度安全的容器，直接接管整个操作系统，对所有在沙盒内的操作进行防泄密管控。
加密软件：
使用加密软件对源代码进行加密处理，确保即使数据被非法获取，也无法轻易读取。
物理、网络隔离：
将开发环境与外部网络物理隔离，使用专用的开发网络，禁止外部设备连接到开发环境，从物理层面切断潜在的泄露途径。
安全传输协议：
在源代码传输过程中，使用安全的传输协议，如HTTPS、SFTP，对数据进行加密，防止在传输过程中被截获和篡改。
权限管理：
严格控制源代码的访问权限，确保只有授权人员才能访问和修改源代码。可以采用基于角色的访问控制，根据用户的角色和职责分配相应的权限。
代码混淆：
代码混淆是一种将源代码转换为难以阅读和理解的形式的技术。通过改变变量名、方法名、注释、以及代码结构，使代码难以被逆向工程解析。
二进制加壳：
加壳是将二进制文件与壳文件合并，使其在被执行时先通过壳的保护再进入程序逻辑，从而阻止直接访问程序的原始代码。加壳技术常用于软件发布阶段，通过外壳包裹防止逆向和破解。
内存加密与防篡改：
内存加密通过在程序执行过程中实时加密和解密数据，并检测内存是否被非法访问或篡改。常用于高安全性需求的应用，比如支付和金融系统。
数字签名与完整性校验：
数字签名与完整性校验是一种防篡改措施，通过生成代码签名或哈希值，确保源代码和二进制文件的完整性。程序运行时会进行签名校验，若代码被篡改则无法通过验证。
加密存储：
在存储方面，采用磁盘加密、文件加密等加密存储方案，确保代码在服务器或本地存储中的安全性。
代码管理制度：
软件公司应制定明确的代码管理政策，涵盖代码的编写、审核、存储、传输和销毁等各个环节。同时，建立严格的代码访问权限控制机制，确保只有经过授权的人员才能访问和修改代码。此外，定期对代码进行备份和恢复测试，确保在意外情况下能够迅速恢复代码。
通过综合运用上述方法，软件可以有效地保护源码权限，防止源代码被非法获取、泄露或篡改。