软件企业申请退税的步骤和所需材料如下：
确认企业资质和完成登记
确保企业已按照国家规定完成税务登记，并取得相关资质。
软件产品登记和认定
在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。
会计核算与凭证保留
按照税法规定，将符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。
年度所得税汇算清缴
在年度所得税汇算清缴时，向税务部门申报退税，并提供必要的退税申请材料。
申请退税的基本条件
取得软件检测机构出具的《软件评测报告》。
拥有《软件产品登记证书》或《计算机软件著作权登记证书》。
退税申请流程
取得《软件产品登记证书》后，纳税人应携带《税务认定审批确认表》和登记证书复印件，至办税服务厅申请税务资格登记。
完成资格认定后，纳税人即可正式办理退税。
发票开具注意事项
完整开票要素：开具增值税发票时，销货单位、商品名称、型号、金额等信息需填写齐全。
一致的软件产品名称：发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。
合并开票：若同时销售自产软件与其他产品，需在同一张发票中列出，并注明软件名称。
退税申报表的填写
填写附表一：软件产品销售数据需填列在《本期销售情况明细》的“即征即退”栏次中。请确保销售额、销项税额正确填写。
填写主表：申报表主表会自动生成部分数据，但需手动填写销项税额、进项税额等项。注意“本年累计”数据需手动计算填写，避免与实际经营数据不符。
进项税额分摊：对无法划分的进项税额，需按实际成本或销售收入比例分摊到软件产品。
提交退税申请及相关材料
企业需提交退税申请书及相关证明材料，如财务凭证、纳税申报表等。
备案和大厅退税
准备资料到税务窗口办理“软件产品增值税即征即退资格备案”手续。
提交材料至当地税务机关或通过税务机关指定的电子申报系统进行申报。
税务审核与确认
税务部门将对申请材料进行审核，包括验证产品登记、核查税负情况等。
审核通过后，税务机关将依照政策规定将应退税款退还给企业。
建议企业在申请退税时，确保所有材料和手续的准确性和完整性，并严格按照税务部门的指引进行操作，以提高退税申请的效率和成功率。