软件开发转包的费用收取通常有以下几种方式：
固定费用
按照合同中约定的比例或者固定金额支付转包管理费用。例如，合同中规定按照项目总金额的2%支付管理费用，或者按照每月固定金额支付。
阶段性支付
根据项目的不同阶段或者里程碑完成情况支付管理费用。例如，根据项目的进展情况，按照合同约定的比例支付相应的费用。
成本分摊
根据项目的实际成本来分摊管理费用。例如，将项目实际发生的管理费用按照成本分摊的方式支付。
绩效奖励
根据项目的绩效来决定管理费用的支付。例如，根据项目的成果、质量和效益等指标，给予管理方一定的绩效奖励。
按百分比付费
这是最常见的方式之一。根据项目预算，确定转包管理费用的百分比。该百分比可以根据项目的复杂程度、转包工作的份额等因素进行调整。一般来说，低风险和低复杂度的项目转包率在5-10%之间，而高风险和高复杂度的项目转包率在15-20%之间。
预付款+进度款+尾款
双方约定的转包总价为人民币一定金额，付款分阶段进行，具体支付条件及时点如下：
预付款：合同签订后一定天内支付总价的百分之几。
进度款：按照项目进度分批支付，每达到一个里程碑支付相应款项。
尾款：项目全部完成并且通过验收后的几天内支付剩余款项。
人/天工资模式
根据参与项目的人员的日工资和工作天数来计算总费用，通常外包公司会在成本基础上加上一定比例的利润。
功能点估算
大型外包公司根据项目的功能需求、复杂度来确定价格，适用于大型项目。
按小时收费
程序员根据技能水平、项目经验和客户需求来确定收费标准，一般为每小时一定金额。
按项目收费
根据项目的复杂程度、开发周期和客户需求来确定收费标准，一般按项目总费用收费。
按功能点收费
根据项目的功能点数量来确定收费标准，一般每个功能点收费一定金额。
固定价格合同
根据项目的需求和规模，双方协商确定总费用。
基于成果的收费
根据项目完成的质量和效果来支付费用，可能包括一次性费用和后续的维护费用。
在选择合适的收费方式时，需要考虑项目的预算、合同的约定、风险控制和合作机制等因素，确保费用的合理性和透明度。