软件专利保护面临的困境主要包括权利要求撰写规则不完善、专利保护范围难以界定、以及侵权认定困难等问题。为了突破这些困境，可以从以下几个方面进行尝试：
引入“间接侵权”制度
完善软件专利权利要求撰写的规则，借鉴相关国家的经验，允许将可读录计算机程序的介质（如芯片）作为专利主题。
通过引入“间接侵权”制度，只要在产品上找到一个介质含有与软件专利所保护计算机程序相同或等同的计算机程序，就可以通过直接或间接侵权起诉产品制造者，为软件专利权人提供更加便捷的保护路径。
建立企业的知识产权管理制度
许多企业已经设置了知识产权部门，参与到软件立项、开发、销售及售后服务的每一环节，并为对外事务提供法律保障。
企业应建立明确的知识产权管理制度，形成激励机制，并建立约束机制，将可能发生的问题防患于未然，有效控制和管理企业有关知识产权保护方面的资料，确保企业在技术发展处于不败的地位。
综合保护模式
建立以版权法、专利法等多种法律相结合的综合保护模式，以解决软件保护的特殊性问题。
通过多种保护措施的结合，可以更全面地保护软件知识产权，减少单一保护措施的局限性。
加强专利审查和质量
提高专利审查的质量和效率，确保授权专利的技术水平和市场价值，避免低质量专利的授权，从而提高软件专利的整体质量。
国际合作与标准化
加强与国际知识产权组织的合作，参与国际标准的制定，推动软件专利保护的国际协调和统一。
通过上述措施，可以在一定程度上突破软件专利保护的困境，为软件产业的发展提供更加有力的法律保障。