软件自由职业者缴税的方式如下：
登记纳税人身份
自由职业者需要到当地税务部门登记纳税人身份，领取纳税人识别号。
缴纳个人所得税
自由职业者需要根据税法规定计算并缴纳个人所得税。个人所得税的计算可以参照个人所得税税率表，采取累进税率制度，根据年度综合所得的不同区间适用不同的税率。
申报个人所得税
自由职业者需要按照规定进行个人所得税申报，具体方式有纸质申报和网上申报两种。申报时需要提交个人身份证明、税务登记证明等相关资料。
增值税
如果自由职业者提供的劳务属于“劳务报酬所得”，并且收入超过500元，则需要到税务局代开发票。支付方需要按照“劳务报酬所得”扣缴并申报个人所得税。
平台代扣代缴
对于采用灵活用工模式的企业，平台企业有义务对合作的灵活就业人员代扣代缴个人所得税，并按规定缴纳社保等费用。平台在发放相关所得时，应按月适用预扣率代扣代缴个人所得税。
年度汇算清缴
对于取得综合所得的自由职业者，在取得所得的次年三月一日至六月三十日内，需要办理年度综合所得汇算清缴，以确保税款的正确缴纳。
建议
自由职业者应主动了解并遵守相关税法规定，确保按时足额缴纳税款。
对于复杂或不确定税务问题，建议咨询专业的税务顾问或当地税务部门，以获得准确的指导和帮助。