防止软件被反编译是一个复杂的过程，涉及多种技术手段。以下是一些常见的方法：
代码混淆
技术描述：通过修改、变换、重组和隐藏源代码，使得代码在保持功能不变的同时，增加阅读和理解的难度，从而增强代码的安全性。
工具：例如，ProGuard是一个常用的代码混淆工具，可以对字节码进行混淆、缩减体积、优化等处理。
加壳技术
技术描述：在编译程序时，将程序代码与一个额外的壳（通常是一个加载器）打包在一起。运行时，壳会先解密并执行原始代码。
工具：例如，AndroidKiller和apktool可以用于反编译和重新打包Android应用程序。
资源文件加密
技术描述：对应用程序中的资源文件（如图片、配置文件等）进行加密，确保即使被反编译，也无法直接获取到明文数据。
方法：可以使用AES等加密算法对资源文件进行加密，并在运行时解密。
动态加载
技术描述：将部分关键代码或资源在运行时动态加载，而不是在静态的可执行文件中存储，增加反编译难度。
方法：可以使用Java的动态加载机制（如Class.forName）或自定义ClassLoader来实现。
隔离Java程序
技术描述：通过让用户无法访问Java Class程序，从而防止反编译。例如，将关键的Java Class放在服务器端，客户端通过访问服务器的相关接口来获得服务。
方法：开发人员可以将关键的Java Class放在服务器端，客户端通过访问服务器的相关接口来获得服务，而不是直接访问Class文件。
对Class文件进行加密
技术描述：对关键的Class文件进行加密，并在运行时解密。可以使用自定义ClassLoader来完成加密类的装载和解密。
方法：开发人员可以将一些关键的Class文件进行加密，例如对注册码、序列号管理相关的类等。在使用这些被加密的类之前，程序首先需要对这些类进行解密，而后再将这些类装载到JVM当中。
使用VM技术
技术描述：通过使用虚拟机（如JVM）技术，可以在一定程度上保护程序不被反编译。例如，重写JVM类加载器可以实现代码加密保护。
方法：在.NET中，可以使用dotfuscator等工具进行混淆干扰；在Java中，可以通过重写ClassLoader类来实现代码加密保护。
本地代码转换
技术描述：将程序转换成本地代码，因为本地代码往往难以被反编译。可以使用JNI技术进行调用。
方法：开发人员可以选择将整个应用程序转换成本地代码，也可以选择关键模块转换。为了保证这些本地代码不被修改和替代，通常需要对这些代码进行数字签名。
代码签名
技术描述：通过为应用程序提供数字证书签名，验证应用程序的完整性和真实性，防止恶意篡改。
方法：在Java中，可以使用jar签名的机制对应用程序进行签名；在.NET中，可以使用代码签名证书对程序集进行签名。
对抗工具
技术描述：针对特定的反编译工具（如JD-GUI），可以采取一些对抗措施，例如修改工具的行为或生成干扰性的代码。
方法：例如，对抗JD-GUI的工具可以通过生成干扰性的代码来防止其反编译功能。
需要注意的是，没有任何方法可以完全防止软件被反编译。上述方法只能提高反编译的难度，增加破解者的成本和时间。因此，软件开发者应综合考虑多种安全措施，以达到最佳的保护效果。